外顯子組測序，是利用序列捕獲技術(shù)，將全基因組外顯子區(qū)域的DNA捕捉并富集后，進(jìn)行高通量測序的基因組分析方法。在同樣的測序通量下，外顯子組測序針對目標(biāo)區(qū)段的測序深度以及覆蓋度都高于全基因組重測序，因此該技術(shù)對于發(fā)生在外顯子區(qū)的常見和罕見的染色體變異具有很高的檢測靈敏度。其簡便、經(jīng)濟、高效等特點，使其成為近年的熱門技術(shù)。

一、 捕獲平臺

Agilent SureSelect捕獲系統(tǒng)

      Agilent SureSelect Human All Exon V6人全外顯子捕獲系統(tǒng)，依托液相捕獲系統(tǒng)，采用120-mer的RNA作為“誘餌”探針，能夠高效地捕獲帶有SNV，InDel等突變的基因組序列。目前，該技術(shù)廣泛應(yīng)用于癌癥等復(fù)雜疾病相關(guān)的遺傳變異研究中，并獲得了國際癌癥協(xié)會（ICGC）的鑒定認(rèn)可。

SureSelect 人全外顯子 V6 高度優(yōu)化的捕獲探針設(shè)計結(jié)合嚴(yán)格的捕獲工作流程，獲得的高的在靶效率能夠確保讀出序列對靶標(biāo)的特異性映射，從而實現(xiàn)深度覆蓋。此外顯子組靶向包括難捕獲區(qū)域的相關(guān)數(shù)據(jù)庫的更新內(nèi)容，可實現(xiàn)蛋白質(zhì)編碼區(qū)域的全面分析。

技術(shù)優(yōu)勢

1. 最全面的內(nèi)容，適用于任何應(yīng)用的外顯子組解決方案

• 包含相關(guān)數(shù)據(jù)庫的最新核心內(nèi)容，可靶向包括難捕獲區(qū)域在內(nèi)的更多外顯子
•  輕松添加用于轉(zhuǎn)化研究的 UTR、用于癌癥研究的 COSMIC，或用于特定應(yīng)用的定制內(nèi)容

2. 高覆蓋率、高深度測序，可準(zhǔn)確的檢測出疾病相關(guān)的常見及稀有變異

二、 技術(shù)參數(shù)

• 樣品要求

         樣本類型：DNA樣品
         樣品濃度：≥50ng/μl
         樣品總量：≥2ug 

• 建議測序深度

         1、 Germline變異相關(guān)建議測序深度80X以上（單基因/復(fù)雜疾病研究）
         2、 Somatic變異相關(guān)建議測序深度150X以上（腫瘤癌癥研究）

• 項目周期

         測序?qū)嶒灱盎A(chǔ)分析：35個工作日
 

三、 技術(shù)路線

四、 數(shù)據(jù)分析結(jié)果展示

a) 突變頻率分布圖

圖中展示了其中一個樣本在24條染色體上每兆（Mbp）區(qū)域類突變頻率分布，可以直觀看出該樣本在染色體上那些區(qū)域突變集中。綠色和紅色的是表示所有突變的頻率，其中紅色的表示在這1M區(qū)域內(nèi)，target區(qū)域（試劑捕獲區(qū)域以及上下游25bp）小于500bp，藍(lán)色表示的是exonic上的突變頻率。

b) 突變功能分布圖

圖中展示了其中一個樣本突變功能分布情況。上方的餅圖表示在基因不同區(qū)域上(intron, exon, etc.)的變異所占的百分比；下方的餅圖表示在exon位置上不同變異類型所占的百分比。

c) 樣本拷貝數(shù)變異區(qū)間圖

其中右上角標(biāo)注樣本名，圖中灰色的線條橫坐標(biāo)是染色體位置坐標(biāo)，縱坐標(biāo)是平覆蓋度的z-score歸一化值，每折點是一個小的捕獲區(qū)間。灰色線條是參考對照的樣本的歸一化值變化情況，紅色或綠色代表該樣本的歸一化值變化情況，其中紅色表示DEL，綠色表示DUL。

d) 體細(xì)胞突變率及突變頻譜圖

圖形上方展示每對樣本體細(xì)胞突變數(shù)目，下圖展示每對樣本體細(xì)胞突變不同突變類型所占的比例。

e) 樣本體細(xì)胞突變heatmap圖

 

f) 體細(xì)胞突變富集分析圖

左邊縱坐標(biāo)表示Go term，橫坐標(biāo)是富集因子（Rich Factor = Gene number/Total Gene Number of the term）。每個圓圈的大小與在這個Go Term上的基因成正比，顏色與根據(jù)q-value的log值從紅到綠漸變，越紅，q-value值越低，富集越顯著。

g) 家系連鎖分析LOD連鎖圖及單倍型圖

左圖為LOD連鎖圖，通常，LOD值≥3被認(rèn)為是兩個基因連鎖得確定證據(jù)（因為LOD值是以10為底的對數(shù)計算的，LOD值為3表明1000：1的機會，即所觀察到的連鎖不是偶然發(fā)生的）；LOD值≥2時，可能連鎖；-2<LOD值<2時，需要更多地家系資料，尚不能判別是否連鎖；LOD值<-2時，為不連鎖；右圖為致病位點單倍型圖，可以根據(jù)此圖判斷致病位點是否在家系患病成員中處于共分離狀態(tài)。

h) 曼哈頓圖(Manhattan Plot)

X-軸為基因組坐標(biāo)，Y-軸為每個單核苷酸多態(tài)性的關(guān)聯(lián)P-值的負(fù)對數(shù)。

五、 研究方案 

• 基于全外顯子組測序的孟德爾遺傳疾病研究方案
• 基于全外顯子組測序的復(fù)雜疾病研究方案
• 基于全外顯子組測序的腫瘤驅(qū)動基因研究方案

單位介紹

•        上海伯豪生物技術(shù)有限公司（Shanghai Biotechnology Corporation）是上海生物芯片有限公司/生物芯片上海國家工程研究中心根據(jù)國內(nèi)外研發(fā)外包發(fā)展的需要，整合旗下系統(tǒng)技術(shù)平臺、商業(yè)化服務(wù)體系、高素質(zhì)服務(wù)團隊等資源成立的致力于研發(fā)外包服務(wù)的專業(yè)化公司。

  上海伯豪生物技術(shù)有限公司擁有六大服務(wù)平臺：生物樣品分析平臺、微陣列芯片平臺、新一代測序平臺、生物標(biāo)志物平臺、分子檢測平臺、生物信息平臺，憑借高標(biāo)準(zhǔn)的技術(shù)平臺和多樣化的服務(wù)等競爭優(yōu)勢，公司向國內(nèi)外企業(yè)和相關(guān)單位提供系統(tǒng)的生物學(xué)研究全面解決方案。目前正在為多達(dá)18家跨國制藥企業(yè)（包括排名前10位的跨國制藥企業(yè)）和超過3000家的國內(nèi)科研機構(gòu)、醫(yī)院等提供基因表達(dá)譜、基因分型、比較基因組學(xué)、DNA甲基化、miRNA、生物標(biāo)志物篩選及確認(rèn)、生物信息等技術(shù)服務(wù)。 

  公司擁有一支以上海為基礎(chǔ)，輻射全國的強大市場營銷隊伍和銷售網(wǎng)絡(luò)，已設(shè)立華北、華南、華東三個大區(qū)十五個辦事處，推廣公司的主導(dǎo)技術(shù)服務(wù)、代理產(chǎn)品，快速提升公司品牌的知名度，擴大影響力。過去10年承接項目數(shù)超過10000個，用戶單位3000家以上，協(xié)助客戶發(fā)表SCI論文700余篇（影響因子共計3000多分），全面推動了中國基因組學(xué)服務(wù)產(chǎn)業(yè)的發(fā)展。 

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  公司的系統(tǒng)化技術(shù)平臺和高質(zhì)量的服務(wù)體系得到了廣大客戶認(rèn)可和合作伙伴的高度評價。公司平臺陸續(xù)獲得了國際知名高通量技術(shù)廠商Illumina、Affymetrix、Agilent、ABI的技術(shù)服務(wù)中心認(rèn)證。公司于2012年獲得諾華（CNIBR）優(yōu)秀供應(yīng)商獎（Supplier Award 2012）。公司是Affymetrix公司在中國第一家認(rèn)證的服務(wù)提供商，是Agilent公司在國內(nèi)唯一認(rèn)證的服務(wù)提供商，先后被授予“Agilent公司亞太區(qū)最佳服務(wù)供應(yīng)商”和“Affymetrix公司優(yōu)秀服務(wù)商”稱號。

  
  

單位資質(zhì)

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