唯一全面覆蓋非編碼&編碼基因的表達(dá)譜芯片

      近年的研究表明基因的轉(zhuǎn)錄調(diào)控受到多種模式的影響，其中microRNA調(diào)控是重要的調(diào)控模式?，F(xiàn)已發(fā)現(xiàn)，基因的轉(zhuǎn)錄后調(diào)控并不是簡單的microRNA-mRNA的沉默機(jī)制，而是一個(gè)復(fù)雜的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)：很多非編碼RNA分子富含microRNA結(jié)合位點(diǎn)，在細(xì)胞中起到miRNA海綿（miRNA sponge）的作用，進(jìn)而解除miRNA對(duì)其靶基因的抑制作用，升高靶基因的表達(dá)水平，這一作用機(jī)制被稱為競爭性內(nèi)源RNA（ceRNA）機(jī)制。而在ceRNA機(jī)制中，circRNA和lncRNA是最典型的miRNA海綿吸附體。因此，深入了解基于circRNA和lncRNA的ceRNA調(diào)控機(jī)制，有助于我們更好的理解個(gè)體發(fā)育或疾病發(fā)生發(fā)展過程中的精細(xì)調(diào)控機(jī)制，也有利于提示我們circRNA或者lncRNA在藥物開發(fā)和疾病診治中的應(yīng)用前景。

芯片特點(diǎn)

• 芯片覆蓋circRNA、lncRNA、mRNA。一份芯片數(shù)據(jù)同時(shí)提供三個(gè)層面的表達(dá)信息，circRNA和lncRNA作為典型的內(nèi)源競爭性RNA，此款芯片可以讓您暢游ceRNA調(diào)控研究。
• circRNA所有探針設(shè)計(jì)基于最新最全的國際主流circRNA數(shù)據(jù)庫信息。
• 環(huán)狀RNA -特異的反向剪接位點(diǎn)探針設(shè)計(jì)，保證每個(gè)探針檢測(cè)的特異性，避免與母基因之間的冗余影響。
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• lncRNA及mRNA-探針設(shè)計(jì)基于最新基因組版本（human/GRCh38(hg38)），涵蓋GENCODE V21、Ensembl 、UCSC、NONCODE、LNCipedia、lncRNAdb等核心lncRNA數(shù)據(jù)庫；生物信息專家對(duì)來自上述數(shù)據(jù)庫的全部lncRNA序列進(jìn)行序列比對(duì)，去冗余，并對(duì)精簡后的lncRNA序列設(shè)計(jì)特異探針，尤其對(duì)于有部分重疊序列的lncRNA與mRNA 進(jìn)行了很好的處理。

芯片參數(shù)
 
 
數(shù)據(jù)分析流程

  
高級(jí)分析展示（部分）

ceRNA調(diào)控分析

      近年來，一些研究顯示circRNA和lncRNA可作為miRNA的海綿吸附體，競爭靶向的mRNA，這類circRNA和lncRNA稱為內(nèi)源性競爭RNA（ceRNA）。ceRNA分析基于基因的表達(dá)值，通過回歸模型分析以及種子序列匹配的方法，建立microRNA的海綿吸附作用的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)，找到核心的ceRNA。

ceRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)

 
注: 線代表不同的microRNA，藍(lán)色為mRNA，紅色為circRNA，綠色為lncRNA
 

lncRNA和mRNA共表達(dá)分析

      共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)圖（Coexpression Network）是根據(jù)基因表達(dá)信號(hào)值的動(dòng)態(tài)變化，計(jì)算基因間的共表達(dá)關(guān)系，得到基因間的表達(dá)調(diào)控關(guān)系及調(diào)控方向，從而構(gòu)建基因的表達(dá)調(diào)控網(wǎng)絡(luò)。通過研究lncRNA與mRNA的共表達(dá)關(guān)系，研究者可通過分析lncRNA調(diào)控能力，獲得樣本隨實(shí)驗(yàn)變化的核心調(diào)控lncRNA。

 
lncRNA靶基因預(yù)測(cè)（cis，trans）

      選取與lncRNA距離小于10kb的gene作為cis作用的靶基因。Trans預(yù)測(cè)采用數(shù)據(jù)庫是物種對(duì)應(yīng)的gene序列數(shù)據(jù)庫。

單位介紹

•        上海伯豪生物技術(shù)有限公司（Shanghai Biotechnology Corporation）是上海生物芯片有限公司/生物芯片上海國家工程研究中心根據(jù)國內(nèi)外研發(fā)外包發(fā)展的需要，整合旗下系統(tǒng)技術(shù)平臺(tái)、商業(yè)化服務(wù)體系、高素質(zhì)服務(wù)團(tuán)隊(duì)等資源成立的致力于研發(fā)外包服務(wù)的專業(yè)化公司。

  上海伯豪生物技術(shù)有限公司擁有六大服務(wù)平臺(tái)：生物樣品分析平臺(tái)、微陣列芯片平臺(tái)、新一代測(cè)序平臺(tái)、生物標(biāo)志物平臺(tái)、分子檢測(cè)平臺(tái)、生物信息平臺(tái)，憑借高標(biāo)準(zhǔn)的技術(shù)平臺(tái)和多樣化的服務(wù)等競爭優(yōu)勢(shì)，公司向國內(nèi)外企業(yè)和相關(guān)單位提供系統(tǒng)的生物學(xué)研究全面解決方案。目前正在為多達(dá)18家跨國制藥企業(yè)（包括排名前10位的跨國制藥企業(yè)）和超過3000家的國內(nèi)科研機(jī)構(gòu)、醫(yī)院等提供基因表達(dá)譜、基因分型、比較基因組學(xué)、DNA甲基化、miRNA、生物標(biāo)志物篩選及確認(rèn)、生物信息等技術(shù)服務(wù)。 

  公司擁有一支以上海為基礎(chǔ)，輻射全國的強(qiáng)大市場營銷隊(duì)伍和銷售網(wǎng)絡(luò)，已設(shè)立華北、華南、華東三個(gè)大區(qū)十五個(gè)辦事處，推廣公司的主導(dǎo)技術(shù)服務(wù)、代理產(chǎn)品，快速提升公司品牌的知名度，擴(kuò)大影響力。過去10年承接項(xiàng)目數(shù)超過10000個(gè)，用戶單位3000家以上，協(xié)助客戶發(fā)表SCI論文700余篇（影響因子共計(jì)3000多分），全面推動(dòng)了中國基因組學(xué)服務(wù)產(chǎn)業(yè)的發(fā)展。 

  公司建立了規(guī)?；馁|(zhì)量控制體系，通過了ISO9001: 2008質(zhì)量技術(shù)體系的認(rèn)證，并參照GLP-L的標(biāo)準(zhǔn)，通過128個(gè)SOP文件對(duì)項(xiàng)目、樣品、實(shí)驗(yàn)過程、生物信息分析過程、數(shù)據(jù)信息管理、保密等進(jìn)行嚴(yán)格質(zhì)控。尤其是數(shù)據(jù)管理，做到異地備份，保密管理。為用戶的數(shù)據(jù)真實(shí)性、可靠性提供了保證。

  公司的系統(tǒng)化技術(shù)平臺(tái)和高質(zhì)量的服務(wù)體系得到了廣大客戶認(rèn)可和合作伙伴的高度評(píng)價(jià)。公司平臺(tái)陸續(xù)獲得了國際知名高通量技術(shù)廠商Illumina、Affymetrix、Agilent、ABI的技術(shù)服務(wù)中心認(rèn)證。公司于2012年獲得諾華（CNIBR）優(yōu)秀供應(yīng)商獎(jiǎng)（Supplier Award 2012）。公司是Affymetrix公司在中國第一家認(rèn)證的服務(wù)提供商，是Agilent公司在國內(nèi)唯一認(rèn)證的服務(wù)提供商，先后被授予“Agilent公司亞太區(qū)最佳服務(wù)供應(yīng)商”和“Affymetrix公司優(yōu)秀服務(wù)商”稱號(hào)。

  
  

單位資質(zhì)

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