Affymetrix miRNA 4.0 芯片服務

上海伯豪生物技術有限公司（Shanghai Biotechnology Corporation）作為上海生物芯片有限公司/生物芯片上海國家工程研究中心旗下的專業(yè)技術服務子公司，不斷強化各類生物芯片相關技術服務平臺建設，為國內外客戶提供專業(yè)化解決方案。在miRNA芯片服務領域，多年來進行了一萬多份樣品的miRNA芯片檢測服務，協助客戶發(fā)表SCI論文50余篇，平均IF4.6。

上海伯豪生物技術有限公司作為Affymetrix認證服務供應商，利用Affymetrix最新開發(fā)的 GeneChip® miRNA 4.0 Array為您提供優(yōu)質的服務。

一、芯片特點：

• 高覆蓋度-涵蓋miRBase Release 20中所有成熟的miRNA序列；
• 新型的分析-采用同樣的芯片可以檢測人、小鼠、大鼠或其他物種的miRNA（同時檢測203個物種的miRNA）；
• 信息量大-芯片結果包括：host gene ID、miRNA target genes、clustered miRNA等；
• 樣本量低-僅需要130ng的total RNA。
• 高靈敏度：檢測豐度跨4個log，可以檢測到1.0 attomol的microRNA含量。
  

 

二、 芯片內容：

• 100% 覆蓋miRBase v20數據庫；
• 30,424個成熟miRNA；
• 5,214個人、小鼠、大鼠miRNA；
• 1,996個人類snoRNA, scaRNA；
• 3,770個探針專門針對人類、小鼠、大鼠前體發(fā)夾狀序列設計。

探針數目：（人、大鼠、小鼠）

總探 針數	人			小鼠		大鼠
	成熟miRNA	Pre-miRNA	sno RNA和scaRNA	成熟miRNA	Pre-miRNA	成熟miRNA	Pre-miRNA
30,424	2,578	2,025	1,996	1,908	1,225	728	490

三、microRNA芯片服務流程圖

四、數據分析：

上海伯豪為客戶整合推出miRNA芯片分析全面解決方案（包括歸一化、差異基因篩選、miRNA靶基因預測、 miRNA與靶基因網絡圖、miRNA-GO Network、miRNA-Pathway Network、miRNA的轉錄因子的預測、miRNA與表達譜芯片平臺的聯合分析）。

五、miRBase 20.0數據庫相關更新情況：

miRBase 20.0數據庫收錄了來自約40篇新文獻報道的3355條新的發(fā)夾前體序列和5393條新的成熟體microRNA，miRNA 發(fā)夾前體序列已升至 24521 條；成熟 miRNA 序列升至 30424 條。其中新增成熟 miRNA 中，人成熟的 miRNA 增至 2578 條（新增536條），小鼠成熟的 miRNA 增至 1908 條（新增627條），大鼠 miRNA 增至 728 條。其它物種，Gallus gallus [雞]新增205條, Solanum tuberosum[馬鈴薯]新增332條，Populus trichocarpa [毛果楊]新增32條，Linum usitatissimum[亞麻]新增124條（亞麻為新增物種）。此外，還新增了一系列物種的miRNA序列，包括Ictalurus punctatus [斑點叉尾鮰]，Branchiostoma belcheri[文昌魚]，Avicennia marina[白骨壤]，Prunus persica[碧桃]，Duck enteritis virus [鴨腸炎病毒]等。

六、SBC客戶應用案例:

應用案例一：
Involvement of microRNA-Mediated Gene Expression Regulation in the Pathological Development of Stem Canker Disease in Populus trichocarpa.
PLOS ONE. 2012,7(9):1-13.
本文運用Affymetrix miRNA Array，real-time quantitative PCR (qPCR)來研究miRNAs，通過對miRNA的靶基因及miRNA啟動子的分析證實了被楊樹莖潰瘍病病原及葡萄座腔菌入侵的毛果楊中miRNAs的基因表達類型。結果發(fā)現，miR156可能是植物中miRNA應答來自環(huán)境中的所有壓力的不可或缺的組件。研究確證了miRNA通路調節(jié)了植物疾病病理發(fā)展中基因的表達，為探索楊樹莖潰瘍病的發(fā)生和發(fā)展提供了重要的線索。
使用服務種類：Affymetrix miRNA Array服務,相關芯片技術服務由上海伯豪完成。

應用案例二：
MiR-181a enhances drug sensitivity in mitoxantone-resistant
breast cancer cells by targeting breast cancer resistance protein
(BCRP/ABCG2). Breast Cancer Res Treat.2013, 139:717–730.
乳腺癌耐藥相關蛋白（BCRP)/ ATP-結合轉運蛋白G超家族成員2（ABCG2）調節(jié)乳腺癌多種藥物的耐藥性（MDR）。研究者探索了microRNAs在調節(jié)乳腺癌細胞中BCRP表達及BCRP-調節(jié)的藥物耐藥性方面所發(fā)揮的作用。經芯片檢測、熒光素酶活性檢測等方法驗證后，最終發(fā)現MiR-181可能是乳腺癌中抑制及逆轉藥物耐藥性的潛在靶標。
使用服務種類：Affymetrix miRNA Array服務,相關芯片技術服務由上海伯豪完成。

應用案例三：
A dsRNA-binding protein MdDRB1 associated with miRNA biogenesis modifies adventitious rooting and tree architecture in apple. Plant Biotechnology Journal.2013, pp. 1–10.
采用EST blast及RACE擴增的方法分離蘋果的MdDRB1基因。接著進行表達分析，RNA結合及蛋白相互作用分析，將MdDRB1轉化進蘋果愈傷組織，體外組織培養(yǎng)條件下觀察MdDRB1在miRNA生物起源、不定根生成、葉的生長、樹木生長習慣方面的典型功能。研究結果證明MdDRB1在miRNA生物起源方面的功能比較保守，且是果樹重要經濟特征形成的主要調控因素。
使用服務種類：Affymetrix miRNA Array服務,相關芯片技術服務由上海伯豪完成。

單位介紹

•        上海伯豪生物技術有限公司（Shanghai Biotechnology Corporation）是上海生物芯片有限公司/生物芯片上海國家工程研究中心根據國內外研發(fā)外包發(fā)展的需要，整合旗下系統(tǒng)技術平臺、商業(yè)化服務體系、高素質服務團隊等資源成立的致力于研發(fā)外包服務的專業(yè)化公司。

  上海伯豪生物技術有限公司擁有六大服務平臺：生物樣品分析平臺、微陣列芯片平臺、新一代測序平臺、生物標志物平臺、分子檢測平臺、生物信息平臺，憑借高標準的技術平臺和多樣化的服務等競爭優(yōu)勢，公司向國內外企業(yè)和相關單位提供系統(tǒng)的生物學研究全面解決方案。目前正在為多達18家跨國制藥企業(yè)（包括排名前10位的跨國制藥企業(yè)）和超過3000家的國內科研機構、醫(yī)院等提供基因表達譜、基因分型、比較基因組學、DNA甲基化、miRNA、生物標志物篩選及確認、生物信息等技術服務。 

  公司擁有一支以上海為基礎，輻射全國的強大市場營銷隊伍和銷售網絡，已設立華北、華南、華東三個大區(qū)十五個辦事處，推廣公司的主導技術服務、代理產品，快速提升公司品牌的知名度，擴大影響力。過去10年承接項目數超過10000個，用戶單位3000家以上，協助客戶發(fā)表SCI論文700余篇（影響因子共計3000多分），全面推動了中國基因組學服務產業(yè)的發(fā)展。 

  公司建立了規(guī)?；馁|量控制體系，通過了ISO9001: 2008質量技術體系的認證，并參照GLP-L的標準，通過128個SOP文件對項目、樣品、實驗過程、生物信息分析過程、數據信息管理、保密等進行嚴格質控。尤其是數據管理，做到異地備份，保密管理。為用戶的數據真實性、可靠性提供了保證。

  公司的系統(tǒng)化技術平臺和高質量的服務體系得到了廣大客戶認可和合作伙伴的高度評價。公司平臺陸續(xù)獲得了國際知名高通量技術廠商Illumina、Affymetrix、Agilent、ABI的技術服務中心認證。公司于2012年獲得諾華（CNIBR）優(yōu)秀供應商獎（Supplier Award 2012）。公司是Affymetrix公司在中國第一家認證的服務提供商，是Agilent公司在國內唯一認證的服務提供商，先后被授予“Agilent公司亞太區(qū)最佳服務供應商”和“Affymetrix公司優(yōu)秀服務商”稱號。

  
  

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